L'hypothèse (présentée en §5 et §6) est que le Covid-19 est causé par une infection virale suivie par une affection bactérienne probablement due à une symbiose entre les deux agents. Dès le stade 1 cette synergie entre les deux agents se met en place et contribue au long développement de la maladie, expliquant alors le caractère atypique des symptômes (Cette étude est transversale)
Le lecteur pourra aller directement au paragraphe (5). Les parties (1) à (4) concernent la virologie
1) Virus et espèces. Les bêtacoronavirus infectent de nombreuses espèces animales, pas seulement les pangolins et les chauves-souris dont il fut question récemment lors de l’apparition du nouveau virus de Wuhan, le n-CoV-2019 maintenant désigné SARS-CoV-2 pour le distinguer du SARS premier de 2003 responsable de syndromes respiratoires aigus ayant causé près de 800 décès dans le monde avant d’être enrayé. Il existe quatre genres de coronavirus parmi lesquels on trouve le CCoV qui est du genre alpha, infecte le chien, causant des diarrhées et contre lequel un vaccin est disponible. Ce virus a été découvert en 1971 dans un élevage de chiens de garde. Les virus ont vocation à rester au sein de l’espèce qui les héberge mais en de rares occasions, un transfert inter-espèces se produit. Jusque dans les années 1970, les virologues pensaient qu’un virus ne franchit pas la barrière entre espèces, puis ont découvert que la grippe humaine pouvait passer vers le porc, le chat, la volaille et inversement. Les recombinaisons de matériel génétique sont fortement soupçonnées de créer de nouveau virus lorsqu’une double contamination se produit. Et si ce virus est viable dans l’une des espèces, alors une nouvelle épidémie émerge. C’est ce qui est probablement arrivé lors de l’épidémie du SRAS de 2003 et maintenant du Covid-19. Pour qu’une migration inter-espèce se produise, il faut une promiscuité et c’est pour cette raison que la cohabitation entre animaux d’élevage et humains est fortement soupçonnée de favoriser l’émergence de virus hybrides. Il est donc important de comprendre comment un virus pénètre dans un organisme
2) La protéine Spike, la clé qui permet d’entrer dans la cellule. Pour se répliquer, un virus doit entrer dans la cellule hôte et pour ce faire, il faut qu’il dispose d’un arsenal moléculaire permettant en premier lieu de se fixer sur la membrane de la cellule, puis de pénétrer à l’intérieur. Autrement, il faut une clé pour ouvrir la porte cellulaire et un mécanisme pour pousser la porte et entrer. Cette image dont une idée très approximative de la subtilité des techniques moléculaires (car c’en est) employées par ces agents pathogènes. Les deux SRAS ont comme point commun l’utilisation d’une glycoprotéine S transmembranaire composée de trois monomères (c’est un trimère, fait de trois pièces). Chaque monomère est d’une taille plus que respectable, constitué de plus de 1000 acides aminés. La protéine complète est décomposée en deux parties aux fonctions distinctes. La partie N-terminale se lie au récepteur membranaire ACE2, la serrure en quelque sorte. L’autre partie permet de fusionner avec la membrane de la cellule hôte ce qui permet au virus de passer de l’autre côté de la membrane. C’est comme si un passeur de drogue arrive dans la zone de contrôle, se colle au douanier et se met à faire quelque pas de valse, puis le lâche et poursuit sa course librement dans la zone aéroportuaire. En réalité, c’est très compliqué, il est nécessaire qu’une protéase coupe la protéine Spike pour que le matériel génétique puisse parvenir à l’intérieur de la cellule pour se reproduire. Le virus doit se décoller de la membrane douanière pour finir sa course et passer en contrebande son stock d’information à l’intérieur de la cellule.
3) Le virus cherche des clés et les codes. La protéine Spike est la clé d’entrée du virus. Cette clé est utilisée pour entrer dans les spécimens de l’espèce qui abrite le virus, chauves-souris, pangolin, chien, civette, souris, humain, etc. Mais comme le virus mute, il a tendance à chercher à forcer d’autres serrures. En réalité, on saura prochainement que l’image de la clé ne convient pas alors que celle du digicode est plus appropriée. Ou même une fréquence qui ouvre une porte à l’image des clés électroniques utilisées pour les automobiles. Le virus cherche parfois les codes pour entrer dans les cellules d’autres espèces et parfois il y parvient en mutant. C’est ce mécanisme qui a été explicité dans de nombreuses études comme celle-ci établissant que l’extension du domaine d’infection d’un coronavirus murin repose sur la variabilité du domaine N-terminal de la protéine Spike. « Although murine coronaviruses naturally infect only mice, several virus variants derived from persistently infected murine cell cultures have an extended host range. The mouse hepatitis virus (MHV) variant MHV/BHK can infect hamster, rat, cat, dog, monkey, and human cell lines » (J.H. Schickli, 2004). Ce qui signifie que l’entrée du virus dans les espèces qu’il n’a pas l’habitude d’infecter repose sur le domaine N-terminal qui au final est devenu une sorte de passe permettant de craquer les serrures d’autres espèces. C’est le cas du variant MHV/BHK. La souche initiale MHV n’infecte que les cellules murines. Le variant BHK se caractérise par une variation des acides aminés dans la partie N-terminale de la protéine Spike dont l’autre domaine permettant la fusion est bien plus conservée. Cette logique des clés virales a été vue pour d’autres coronavirus et notamment le SARS-CoV de 2003. Pour le virus de 2019, les résultats sont encore lacunaires. Mais nous allons voir plus loin que cette protéine Spike mérite notre attention car elle subit des variations notables.
La logique du virus est facile à comprendre. Pour entrer dans une cellule dont il n’a pas des codes, il doit essayer tous les codes possibles, quitte à muter et si ça ne marche pas, il va piquer les codes permettant d’infecter d’autres espèces et cela ressemble fort à une recombinaison. Autrement dit, le virus est un système qui tente de craquer les codes d’accès présent sur les membranes des cellules hôtes. Ces codes sont réservés aux molécules et transferts que l’organisme sain utilise pour fonctionner. Cette fois, je laisse tomber l’image mécanique de la clé pour utiliser l’image du code, une image qui fonctionne dans la nouvelle science qui est la biosémantique.
4) Du SARS premier au SARS CoV-2, voyage sous les ailes d’une chauve-souris. La combinaison de la génomique et de la bio-informatiques permettent de tracer des similitudes ou bien des différences entre plusieurs virus. Un article récent a comparé les deux SARS responsables des épidémies de 2003 et 2020 (S. Srinivasan, 2020). Les auteurs ont placé le projecteur sur les séquences conservées. Pour mon analyse, je vais faire l’inverse. Les différences les plus importantes concernent le domaine wNsp3 et le domaine S. Nsp3 est organisé en 6 sous-domaines, il code pour une mégaprotéine qui est une protéase dont l’une des fonctionnalités est d’usiner les différentes pièces de la polymérase servant à répliquer le génome. De là à expliquer la différence entre les deux SARS, je ne ferai pas le pas. En revanche, le domaine S est plus intéressant. Les auteurs ont constaté la présence de quatre insertions spécifiques au SARS-CoV-2, absentes sur SARS-1. Ce qui signifie que le nouveau virus utilise d’autres codes. Ces quatre insertions sont absentes de coronavirus proches isolés de chauve-souris en 2015 et 2017 ; en revanche, un virus de chauve-souris isolé en 2013 contient ces quatre insertions. Le SARS-CoV-2 pourrait bien avoir « piqué » des codes déjà anciens. La partie de la protéine S ayant le plus muté est celle qui interagit avec le récepteur ACE2. Le nouveau virus utilise donc le même récepteur que l’ancien mais il semble disposer de nouveaux codes. Pour faire quoi ? Pour se faufiler dans les cellules sans doute, mais quelles cellules ?
Les modélisations effectuées sur les interactions entre protéines (l’interactome) montrent que l’interactome intra-viral concernant les mécanismes de réplication à l’intérieur de la cellule est bien plus conservé que le réseau interactif concernant l’interaction entre le virus et l’hôte. Ce fait était déjà connu et montre la grande plasticité dont disposent les virus pour infecter les cellules hôtes. Autrement dit, une machine peu variable pour répliquer un virus et un mécanisme pour entrer dans la cellule possédant une variabilité conséquente. Le dernier point semble anecdotique mais intriguant. C’est la conservation quasi-parfaite à la surface de Nsp3 d’un site de liaison sur une protéine humaine fonctionnant avec l’ubiquitine-aldehyde. Cette protéine (OTU) est connue pour réguler la transcription ainsi que pour son interaction avec les mécanismes impliquant les hormones stéroïdiennes.
5) Un lien entre le SARS-CoV-2 et les bactéries. Le virus semble disposer de nombreux codes. Pourrait-il interférer avec des bactéries ? Avant de répondre à cette question, il faut mentionner un fait passé sous les radars médiatiques. Les bactéries ont été repérées chez les patients atteints des formes avancées ou graves du Covid-19 et parmi des microbes, on trouve prevotella (S.Chakraborty (a), 2020).
Cette bactérie prevotella, une habituée du microbiote humain dont certaines souches peuvent occasionner des ennuis dans les voies respiratoires. Elle occasionne des troubles dans les voies respiratoires supérieures, notamment dans la sinusite chronique. Un détail prend tout son importance. L’anosmie a été constatée chez nombre de patients atteint du Covid, dès le stade 1 et plus souvent au stade 2. Or, les affections dans les sinus causées par prevotella occasionnent aussi une anosmie (T.W. Vickery, 2017).
L’agueusie serait-elle aussi imputable à la bactérie prevotella ? Oui si l’on en croit cette étude menée sur les infections dans les sinus maxillaires où l’anosmie et l’agueusie sont présentes : « Decreased smell can be divided into partial hyposomia and total anosmia, which are both related to anterior ethmoidal mucosal opacifications. Sometimes such patients complain of reduced taste sensation, known as ageusia. » La bactérie prevotella a été repérée dans cette affection : « OMS has basic polymicrobial characteristics, with predominantly anaerobic bacteria in both the oral cavity and upper respiratory tract. Aerobic Staphylococcus aureus and Streptococcus pneumonia (S. pneumonia) and anaerobic Peptostreptococcus and Prevotella spp. are found in more than 75% of cases » (S. Min Kim, 2017)
Continuons dans la recherche d’indices. Une souche prevotella cause une polyarthrite rhumatoïde. « Une étude a par exemple mis en évidence une dysbiose intestinale chez des patients nouvellement diagnostiqués, caractérisée par un excès d’espèces Prevotella, en particulier de P. copri » (Quotidien du médecin, 28/06/2017) Comme par hasard, la chloroquine utilisée contre la polyarthrite semble avoir un effet, modeste mais pas décisif, sur le Covid-19. A cet élément s’ajoute la présence d’un « orage de cytokines »
« Ce phénomène de "tempête hyper-inflammatoire" est repéré et décrit depuis une vingtaine d'années seulement. Il a été pointé du doigt pour expliquer la dangerosité de deux autres maladies respiratoires provoquées par des coronavirus, le Sras (774 morts essentiellement en Asie en 2002-03) et le Mers (Syndrome respiratoire du Moyen-Orient, 866 décès depuis 2012). On le suspecte aussi d'avoir été à l'oeuvre lors de grandes pandémies grippales, telle la terrible "grippe espagnole", qui a tué environ 50 millions de personnes en 1918-19. » (Science et avenir, 05/04/2020). Des études ont montré que la grippe espagnole fut sévère en raison de complication bactérienne. De plus, cet orage de cytokines est aussi le signe d’une infection bactérienne qui une fois de plus, passe par on ne sait quel mystère sous les radars des spécialistes.
Il reste une dernière cartouche à jouer, cette unique publication sur une possible infection de la bactérie prevotella par le SARS-CoV-2 qui serait alors plus rusé qu’on ne le pense et se comporterait comme bactériophage, ce qui pourrait expliquer la modification de cette bactérie, devenant plus agressive. Ainsi que des anomalies observées sur la charge virale, comme si le virus se cachait dans la bactérie. (S. Chakraborty (b), 2020). Bien évidemment, cette donnée ne peut pas entrer dans l’argumentation faute d’études complémentaires menées par les virologues. A l’appui de cette hypothèse, les coronavirus de type SARS sont capables de modifier la perméabilité membranaire des bactéries E.
Voir cette référence :
http://www.sbs.ntu.edu.sg/Labs/tamlab/Documents/163%20Expression%20of%20SARS-coronavirus%20envelope%20protein%20in%20Escherichia%20coli%20cells%20alters%20membrane%20permeability.pdf
Autre détail, cette étude montrant un lien entre microbiote intestinal et coronavirus : « We also found that coronaviruses receptors could be elevated in the presence of both invasive bacteria and their counterpart, probiotics. We demonstrated here that enterocytes act as a conserved cell reservoir for coronaviruses during their evolutions, which should not be ignored in the investigation of coronavirus diagnosis and treatment strategies. »
https://www.researchgate.net/publication/339864555_The_Small_Intestine_an_Underestimated_Site_of_SARS-CoV-2_Infection_From_Red_Queen_Effect_to_Probiotics
6) Nous avons maintenant les indices sur une maladie, le Covid-19, dont les affections auraient une double origine, virale et bactérienne, et ce, plus tôt qu’on ne le pense, autrement dit, bien avant le stade 2 puis 3 et les complications bactériennes observées et connues depuis longtemps. Une sorte de duo atypique joué par deux microbes.
Il y aurait donc deux agents se conjuguant pour infecter les patients atteint de Covid-19. Il semble qu’une interaction sans doute inconnue fait que les virus et les bactéries, notamment prevotella, semble interagir. Comme si la bactérie avait utilisé le génome viral pour se modifier, alors que ce même génome utilise la bactérie pour séjourner, voire se cacher, ce qui explique les facéties dans les analyse de charge virale. Autrement dit, il se produirait, très tôt, une symbiose entre les bactéries et le virus SARS-CoV-2 qui se complèteraient pour infecter et agresser le patient. C’est assez nouveau mais c’est ainsi que la science avance.
Le développement atypique de cette maladie, avec des hauts et des bas, pourrait bien être relié à cette double invasion, ou du moins une première phase d’infection virale qui, une fois dans l’organisme, active les bactéries qui lancent une seconde attaque. Le développement de la maladie est cohérent avec une double infection, un double jeu de deux agents complices. Cette deuxième phase serait présente dès le stade 1.
Et donc, ce ne serait pas la chloroquine mais l’azithromycine qui représente le principe thérapeutique premier. Et qu’il faudrait alors administrer dès le stade 1, lorsque la symbiose virus bactérie débute. C’est à tester, sans utiliser la chloroquine
Dernière question. La bactérie prevotalla fait-elle partie du spectre sensible de l’azithromycine ? La réponse est Oui. Ce qui expliquerait l’effet de l’azithromycine dans les résultats de Didier Raoult sur la diminution de charge virale. Pour info, cet antibiotique est tombé dans le domaine public, les laboratoires du monde entier le produisent et le commercialisent en générique.
Source, Vidal, Azithomycine
https://www.vidal.fr/substances/5925/azithromycine/
Espèces sensibles :
aérobies à Gram + : Bacillus cereus, Corynebacterium diphtheriae, entérocoques, Rhodococcus equi, staphylococcus méti-S, staphylococcus méti-R, streptococcus B, streptococcus non groupable, Streptococcus pneumoniae, Streptococcus pyogenes ;
aérobies à Gram - : Bordetella pertussis, Branhamella catarrhalis, campylobacter, legionella, moraxella ;
anaérobies : actinomyces, bacteroides, eubacterium, mobiluncus, peptostreptococcus, porphyromonas, prevotella, Propionibacterium acnes ;
autres : Borrelia burgdorferi, chlamydia, coxiella, leptospires, Mycoplasma pneumoniae, Treponema pallidum.
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Jeanne H. Schickli et al. The N-terminal region of the murine coronavirus spike glycoprotein is associated with the extended host range of viruses from persistently infected murine cells. J Virol 78(17) : 9073–9083. doi : 10.1128/JVI.78.17.9073-9083.2004
https://europepmc.org/article/pmc/pmc506962
S. Srinivasan et al. Structural Genomics of SARS-CoV-2 Indicates Evolutionary Conserved Functional Regions of Viral Proteins. Viruses. Mar 25 ;12(4). pii : E360. doi : 10.3390/v12040360. 2020
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/32218151
S.Chakraborty (a), The 2019 Wuhan outbreak could be caused by the bacteria Prevotella, which is aided by the coronavirus - Prevotella is present (sometimes in huge amounts) in patients from two studies in China and one in Hong Kong
https://osf.io/usztn/
T.W. Vickery, Bacterial Pathogens and The Microbiome, Otolaryngol Clin North Am. Feb ; 50(1) : 29–47. doi : 10.1016/j.otc.2016.08.004 ; 2017
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5127453/
S. Min Kim, Definition and management of odontogenic maxillary sinusitis, Maxillofac Plast Reconstr Surg. 2019 Dec ; 41(1) : 13 ; Published online 2019 Mar 29. doi : 10.1186/s40902-019-0196-2
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6439010/
S. Chakraborty (b), Sequencing data (N=3) shows Wuhan coronavirus integration in bacteria (Prevotella mostly). Sequencing artifact - or is the virus infecting both bacterial and human cells ?
https://osf.io/ktngw/
Article de Bernard Dugué
Souce : agoravox.fr
Pour plus d'informations
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